Los machos no superan los 2,5 metros de altura, unos 30-60 cm. menos que otros elefantes asiáticos y son más anchos, con la cara más pequeña, orejas más grandes y la cola más larga. Se les considera menos agresivos que el resto de sus congéneres asiáticos y africanos.

Los elefantes están confinados a las regiones del norte y noreste de Borneo. En la década de 1980, hubo dos poblaciones distintas; en Sabah donde se extienden sobre la Reserva de Vida Silvestre de Tabin y adyacentes, en su mayoría en terreno empinado, y en el interior montañoso a unos 300 a 1.500 m. de altitud. En Kalimantan , su hábitat  se restringe a una pequeña área contigua de la parte alta del río Sembakung, en el este del país. Las manadas de elefantes salvajes en Sabah y Kalimantan parece haber aumentado muy poco en los últimos 100 años.

Esos paquidermos, que sólo existen en esa isla, prefieren los bosques de mesetas, tierras bajas y los valles formados por ríos. En estas tierras bajas hay más alimento y el suelo es de mejor calidad. La dieta de los elefantes consiste en por lo menos 162 especies de plantas (en 49 familias distintas), incluyendo varias especies de árboles. Está comprobado que la calidad del bosque influye, en gran medida, en la diversidad y la distribución del alimento del elefante en el bosque. Con la destrucción del bosque para el cultivo de las plantaciones del aceite de palma se degrada el bosque autóctono de Malasia y destruye el hábitat natural del elefante pigmeo de Borneo, haciendo más difícil su supervivencia y provocando choques entre estos animales y los campesinos que, en muchas ocasiones, provocan la caza de estos elefantes o su envenenamiento.

Estos elefantes se agrupan en manadas de entre 30 y 50, aunque pueden integrar grupos más pequeños durante algunos días o semanas. Los elefantes pigmeos de Borneo viven en sociedades matriarcales. La elefante adulta es la que guía al resto de la manada.

En 2003, se reabrió el debate por la sugerencia de que los elefantes de Sulu introducidos en el noreste de Borneo podría haber descendido del ahora extinto elefante de Java, que fue denominado, Elephas maximus sondaicus por Deraniyagala. Esta hipótesis se basa en la falta de evidencia arqueológica antiguas y a que el elefante pigmeo de Borneo no ha colonizado toda la isla. Al parecer la llegada de los elefantes en el norte de Kalimantan, región de Borneo, coincide con el reinado de los sultanes de Sulu sobre Sabah. El sultanato de Sulu tenía muy buenas relaciones con el sultanato hindú de Java. El sultán de Sulu y su familia enviaron a algunos de sus preciados elefantes de Java al noreste de Borneo debido a la falta de tierra y para emplearlos en el transporte de troncos fuera del bosque. Cuando este contrato finalizó, la mayoría de estos pequeños elefantes domesticados tímidos y en gran parte bajo el empleo de los astilleros de Sulu y comerciantes fueron puestos en libertad en los bosques para que puedan vivir en el interior de la selva.

Otra hipótesis de su origen, según el análisis del ADN mitocondrial, realizado en 2003 por el World Wide Fund for Nature y la Universidad de Columbia, indicó que la población existente se deriva de una evolución local independiente, desde hace unos 300.000 años, en las postrimerías del Pleistoceno cuando, posiblemente, se aisló de otras poblaciones de elefantes asiáticos cuando los itmos de tierra que unían Borneo con las otras islas de Sonda y el continente asiático desaparecieron, después del último máximo glacial hace 18.000 años.

La jungla que tapiza el parque forestal de Gunung Rara, conocido por el de Monte Magdalena con unas 485.000 hectáreas de extensión en el departamento del Estado de Sabah, es el que acoge a un mayor número de elefantes pigmeos de Borneo. En octubre de 2012, la asamblea legislativa del Estado de Sabah prohibió cualquier tipo de actividad forestal o agrícola en Gunung Rara para proteger el hábitat del elefante pigmeo y otros animales raros por lo que las muertes ocurridas últimamente de estos elefantes pigmeos pudo ser una venganza por parte de los empresarios dedicados a la explotación de aceite de palma que contrataron a algunos campesinos para perpetrar estos envenenamientos.

Durante las últimas décadas, el cultivo de la planta aceitera se ha venido expandiendo de forma acelerada en un número creciente de países del Sur. Malasia genera el 50% de la producción mundial y el gobierno piensa que este cultivo: “Dará lugar a mayor empleo y superior nivel de vida promoviendo exportaciones generadoras de divisas, al mismo tiempo que las plantaciones de palma son más eficientes como sumideros de carbono que los pinos de los países desarrollados”.

Por desgracia, dice WWF, el terreno preferido por el elefante pigmeo es también el idóneo para las plantaciones comerciales, de ahí que durante las últimas cuatro décadas el 40 por ciento de los bosques en el estado de Sabah, en el noreste de la isla y donde viven los elefantes, ha sido arrasado por la tala de árboles, la conversión en plantaciones y los asentamientos humanos. Sin duda,la expansión del desarrollo humano interrumpe sus rutas migratorias, agota sus fuentes de alimento, y destruye su hábitat.

Ya en agosto en de 2008, los elefantes pigmeos de Borneo se encontraban en peligro de extinción por la fragmentación forestal y la pérdida de hábitat, según información de la organización internacional WWF, en su página web.

Según señalaba Raymond Alfred, del Programa de Especies de Borneo de la WWF: “Las zonas que estos elefantes necesitan para sobrevivir son los mismos bosques donde se lleva a cabo la tala más intensa”. Además, añadía Raymond, en agosto de 2008, “Las plantaciones de palma para la producción de aceite solo deberían realizarse en tierras no forestales y que no estén pobladas por los elefantes”.

Apenas cuatro años después, a fines de enero de 2013, 14 elefantes pigmeos de Borneo (Elephas maximus borneensis), especie en peligro de extinción, han sido hallados muertos en una reserva de Malasia e incluso se teme que puedan ser 40 ó 50, ya que cada manada se suele componer de ese número de individuos. Todos ellos tenían signos de haber sufrido hemorragia interna, así que las autoridades creen que fueron envenenados. El WWF dice que los elefantes muertos fueron encontrados en áreas donde los bosques se están convirtiendo para plantaciones dentro de las reservas forestales permanentes. Masidi Manjun, ministro malasio de Medio Ambiente, prometió penas de cárcel para los culpables, mientras que la Asociación de Agencias de Viajes de Malasia ofreció una recompensa de 10.000 ringit (2.300 euros) para quien ofrezca información que permita detener a los responsables de la muerte de los paquidermos.

Según el Fondo Mundial para la Naturaleza, en la isla de Borneo quedan en estado salvaje unos 1.500 elefantes pigmeo, la subespecie más pequeña de todas y que se diferencia de otras en que tiene una cola algo más larga, colmillos finos y orejas amplias.

En Malasia, los elefantes pigmeos de Borneo son protegidos conforme a la Lista II de la Promulgación de Conservación de Fauna. Cualquier persona declarada culpable de cazar elefantes pigmeos es obligada a pagar una multa de 50.000 $RM o cinco años de prisión o ambas cosas.

Esperemos que la lucha de intereses entre los grandes plantadores de aceite de palma, explotación forestal de la jungla para vender madera noble a los países desarrollados e incluso actividades turísticas masificadas, no acaben con la extinción de este singular paquidermo.